Pada bulan Oktober 1999, sekitar 4 bulan setelah pemilu legislatif, Majelis Permusyawaratan Rakyat dalam sidang umum 1999 memilih Presiden dan Wakil Presiden Indonesia untuk masa bakti 1999-2004 melalui pemungutan suara.
Pemilihan ini dilaksanakan dalam dua tahap, yaitu pada tanggal 20 Oktober 1999 untuk memilih Presiden Republik Indonesia dan tanggal 21 Oktober 1999 untuk memilih Wakil Presiden Republik Indonesia.
Pemilihan ini menghasilkan pasangan Presiden Abdurrahman Wahid dan Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri yang masing-masing dilantik secara langsung pada tanggal pemungutan suara